Filogenia e identificação de roedores Sigmodontinae através de marcadores moleculares : avaliação do código de barras de DNA

Abstract

Os roedores sigmodontíneos formam grupo diverso tanto em relação ao número de espécies quanto aos aspectos ecológicos e adaptativos, apresentando taxonomia complexa com muitos aspectos filogenéticos não resolvidos. O DNA barcoding é uma abordagem padronizada que visa à identificação de amostras em nível específico. Neste estudo sequências de dois marcadores moleculares mitocondriais, citocromo b (CYTB) e citocromo c oxidase subunidade 1 (COI), e do nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) foram obtidos para 322 amostras de tecido e analisadas com sequências do Genbank por métodos probabilísticos e de distância genética para avaliar as relações filogenéticas entre os táxons e a utilidade do COI para discriminar espécies. Os diferentes métodos empregados para analisar os genes separadamente e concatenados foram congruentes de modo geral, recuperando os mesmos clados com altos valores de suporte. Utilizando-se o COI foi possível determinar em nível de espécie 12 amostras com identificações errôneas, 30 indeterminadas, 21 que estavam identificadas apenas em nível genérico e um novo táxon. As tribos descritas em estudos anteriores (Abrothrichini, Akodontini, Ichthyomyini, Oryzomyini, Phyllotini, Reithrodontini, Sigmodontini, Thomasomyini, Wiedomyini) foram recuperadas utilizando-se os três marcadores, todavia apresentaram baixo suporte na maioria das análises. As análises de distancia intra-específica indica que a maior parte das espécies possui o barcoding-gap, isto é, uma distancia intra-específica menor do que a inter-especifica. Portanto, este estudo demonstra que a abordagem do DNA barcoding é útil para delimitar a grande maioria das espécies de roedores sigmodontíneos, mas sugere-se usar tal abordagem juntamente com procedimentos adicionais de sistemática e taxonomia em uma abordagem integrativa.

Sigmodontine rodents comprise a speciose and diverse group in ecological and adaptive aspects presenting complex taxonomy with many aspects unresolved. DNA barcoding is standardized approach which aims to identify samples in specific level. In this study sequences of two mitocondrial markers, cytochrome b (CYTB) and cytochrome c oxidase subunit I (COI), and nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) were obtained for 322 tissue samples and analyzed with Genbank sequences by probabilistic and genetic distance methods to assess phylogenetic relationships between taxa and COI utility to discriminate species. The different methods used to analyze gene separately and concatenated agree in general, recovering the same species with high support values. Species were identified to 12 samples misidentified, 30 which species were undetermined, 21 which were identified only in genus level and one new species. Tribes described in preview studies were recovered, however showed low support in most analyses. DNA barcoding approach is useful to distinguish between species, but should be used cautiously with additional procedures in a systematic and taxonomic in an integrative approach.