Sequenciamento do vírus da dengue revela circulação simultânea de linhagens e coinfecção no Sul do Brasil

Abstract

Dengue is a globally significant arboviral disease caused by the dengue virus (DENV), which comprises four serotypes (DENV-1 to DENV-4). In Brazil, DENV-1 and DENV-2 are predominant, and genomic surveillance is essential to monitor viral diversity and detect coinfection events, which may influence viral variability and the host immune response. This study employed deep genome sequencing to investigate the simultaneous circulation and codetection events of DENV lineages in Rio Grande do Sul between 2015 and 2023. A total of 665 RT-qPCR-confirmed samples were sequenced using the Illumina MiSeq platform. We identified the predominance of DENV-1 and DENV-2, with DENV-1 belonging exclusively to genotype V, while DENV-2 comprised genotypes II (Cosmopolitan) and III (Southeast Asian/American). Four distinct lineages were identified within DENV-1 genotype V, along with the two genotypes observed for DENV-2. Codetection events were identified in four DENV-1 samples, in which major (MajV) and minor (MinV) variants belonged to different lineages, suggesting intra-host coinfections. These events were supported by epidemiological and phylogenetic analyses, demonstrating the geographic and temporal co-circulation of the involved lineages. Although rare (0.60% of samples), coinfections highlight the complexity of viral dynamics and their potential impact on viral evolution. However, all identified cases presented mild symptoms without requiring hospitalization. These findings reinforce the importance of continuous genomic surveillance to assess the implications of viral diversity for dengue epidemiology.

A dengue é uma arbovirose de grande impacto global, causada pelo vírus da dengue (DENV), que possui quatro sorotipos (DENV-1 a DENV-4). No Brasil, DENV-1 e DENV-2 são predominantes, e a vigilância genômica é essencial para monitorar sua diversidade e detectar eventos de coinfecção, que podem influenciar a variabilidade viral e a resposta imunológica do hospedeiro. Este estudo utilizou sequenciamento profundo do genoma viral para investigar a circulação simultânea e eventos de codetecção de linhagens de DENV no Rio Grande do Sul entre 2015 e 2023. Foram analisadas 665 amostras confirmadas por RT-qPCR e sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq. Identificamos a predominância de DENV-1 e DENV-2, sendo DENV-1 exclusivamente do genótipo V, enquanto DENV-2 apresentou os genótipos II (cosmopolita) e III (Sudeste Asiático/Americano). Dentro do genótipo V de DENV-1, foram identificadas quatro linhagens distintas, além dos dois genótipos observados para DENV-2. Eventos de codetecção foram identificados em quatro amostras de DENV-1, nas quais variantes majoritárias (MajV) e minoritárias (MinV) pertenciam a linhagens distintas, sugerindo coinfecções intra-hospedeiro. Esses eventos foram corroborados por análises epidemiológicas e filogenéticas, demonstrando a cocirculação geográfica e temporal das linhagens envolvidas. Apesar de raras (0,60% das amostras), as coinfecções evidenciam a complexidade da dinâmica viral e seus possíveis impactos na evolução do vírus. No entanto, todos os casos apresentaram sintomas leves, sem necessidade de hospitalização. Esses achados reforçam a importância da vigilância genômica contínua para avaliar as implicações da diversidade viral na epidemiologia da doença.