Epidemiologia Genômica de SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Sul

Abstract

Com a emergência da pandemia da COVID-19, iniciada em 2020, diversos estudos vêm sendo conduzidos para entender a epidemiologia e a evolução do vírus SARS-CoV-2. É de extrema importância a análise desses trabalhos, em especial de suas metodologias, tal como realizado na revisão sistemática apresentada, que teve como foco avaliar estudos de prevalência da COVID-19. Desde a identificação do vírus SARS-CoV-2 como novo agente etiológico, diversas variantes já foram descritas e mutações definidoras de linhagem analisadas sob o ponto de vista funcional e evolutivo. Dentre elas, a mutação E484K, na proteína spike, se mostrou cada vez mais frequente e de importância nas linhagens onde se faz presente, principalmente por estar relacionada à indução de evasão imune. Este trabalho focou prioritariamente na análise genômica de amostras do estado do Rio Grande do Sul, em especial da cidade de Esteio, buscando entender o comportamento do SARS-CoV-2 dentro do território estadual. Dessa forma, obtivemos um panorama das mutações presentes nos genomas virais circulantes no estado, além de entendermos o comportamento evolutivo do vírus nesta localidade. Além disso, foi possível realizar testes de evolução molecular a fim de identificar possíveis evidências de pressão seletiva adaptativa e purificadora em sítios de proteínas estruturais do vírus, bem como analisar o efeito de diferentes mutações sobre a estabilidade molecular das mesmas. Por meio destes estudos, foi possível ampliar a compreensão da dinâmica genômica e evolutiva do vírus, bem como seus padrões de propagação pelo estado do Rio Grande do Sul.

With the emergency of COVID-19 pandemic starting in 2020, research has been conducted to understand the evolution and epidemiology of SARS-CoV-2 virus. It is of extreme importance the analysis of these studies, especially their methodologies, such as the presented systematic review which evaluated studies related to the prevalence of COVID-19. As the SARS-CoV-2 virus identification as a new etiological agent, several variants were described, and lineage-defining mutations were analyzed in evolutionary and structural point of views. Among them, the E484K mutation, in spike protein, became increasingly frequent and important in the strains where it is present, mainly because it is related to immune evasion. This work was focused on genomic analysis of samples of Rio Grande do Sul state, primarily from the city of Esteio, with the objective of understanding the behavior of SARS-CoV-2 inside the state territory. Thus, we got a wider view of the mutations present in the circulating viral genomes in the state, besides understanding the viral evolution behavior in that place. Furthermore, it was possible to realize molecular evolution analysis to identify the adaptive and purifying selective pressure evidence in structural proteins sites of the virus, as well analyze the mutational effects on its molecular stability. Through these studies, it was possible to expand the understanding of the viral genomic and evolutive dynamics, as well as their spreading patterns in the Rio Grande do Sul state.