Aplicação do índice de ancestralidade africana para o controle de estratificação populacional em estudos de associação

Abstract

A população brasileira possui um considerável grau de miscigenação. O objetivo deste trabalho foi verificar a ocorrência de estratificação populacional em um estudo do tipo caso-controle em uma amostra da população de Porto Alegre considerada fenotipicamente de ancestralidade européia. Foram genotipados, por métodos baseados em PCR, 10 marcadores informativos de ancestralidade africana. A comparação das freqüências alélicas não mostrou diferenças significativas em casos e controles, sugerindo ausência de estratificação populacional, embora as estimativas de mistura racial tenham indicado uma baixa introgressão (2 e 6%, respectivamente) de genes africanos nessas amostras. A utilização de um Índice de Ancestralidade Africana (IAA) também indicou que não havia diferenças significantes entre casos e controles. Como esse índice permite a avaliação da mistura racial ao nível individual, foi possível, retirando os indivíduos com valores de IAA maiores do que o descrito na literatura para os portugueses, homogeneizar ainda mais as amostras. Portanto, no presente trabalho propomos a utilização do Índice de Ancestralidade Africana como Método de Controle Genômico em estudos de associação, evitando associações espúrias devido à estratificação populacional.

The Brazilian population has a high degree of admixture. The objective of this investigation was to verify the occurrence of population stratification in a case-control study in a sample from the Porto Alegre population considered phenotipically as of European ancestry. Ten African ancestry informative markers were genotyped by PCR based methods. The allele frequency comparisons did not show statistically significant differences between cases and controls, suggesting an absence of population stratification, although racial admixture estimates showed a low introgression (2 and 6% respectively) of African genes in these samples. The use of an African Ancestry Index (AAI) also did not show significant differences between cases and controls. As this index allow to estimate admixture at the individual level, it was possible to select those individuals with AAI values higher than those described in the literature for Portuguese and drop them from the samples, making cases and controls more homogeneous. Therefore, in the present study we propose the use of the African Ancestry Index as a Genomic Control Method for association studies, avoiding spurious associations due to population stratification.