Identificação de vírus em amostras de macacos-prego coletadas no Sul do Brasil utilizando metagenômica

Abstract

A espécie Sapajus nigritus, compreende primatas não-humanos bem distribuídos na América do Sul. Eles são onívoros e vivem em grupos de até 40 indivíduos. As superfícies mucosas são um portal perfeito de entrada para vírus e bactérias do ambiente para acessar novos hospedeiros. A cavidade oral é um portal de entrada para vários microrganismos, incluindo vírus, e compreende a gengiva, língua, paladar, a superfície dos dentes e saliva. A descoberta periódica de novos vírus sugere que subestimamos o número total e a diversidade destes na natureza. Por outro lado, a crescente melhoria da detecção de vírus contribui para a descoberta de um mundo microscópico ainda inexplorado. Bacteriófagos (ou fagos) são o grupo mais abundante de vírus. Eles desempenham um papel dinâmico no ecossistema à medida que se replicam em hospedeiros bacterianos que habitam todos os tipos de ambientes, incluindo superfícies corporais de diferentes espécies de animais. Este estudo tem como objetivo apresentar a composição dos vírus em suabes orais, sangue e urina de macacos-capuchinhos selvagens (Sapajus nigritus) coletados de 12 animais em dois pontos de coleta distintos. As amostras foram coletadas seguindo as orientações do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama), armazenadas no gelo e transportadas para o laboratório. Posteriormente, foram processadas em três pools distintas (cotonete, sangue e urina), e a extração de ácidos nucleicos foi realizada utilizando-se Trizol®, de acordo com as instruções do fabricante. Após a extração, os ácidos nucleicos foram aleatoriamente amplificados e submetidos à plataforma Illumina para sequenciamento da próxima geração. Os resultados revelaram a presença de bacteriófagos pertencentes às famílias Siphoviridae, Myoviridae e Podovirida e 11 famílias virais eucarióticas: Herpesviridae, Parvoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae, Caulimoviridae, Iridoviridae, Astroviridae, Poxviridae e Baculoviridae, além de dois genomas virais completos de Anelloviridae e Genomoviridae. Este estudo contribui para o acesso às sequências virais de macacos capuchinhos, melhorando nosso conhecimento restrito sobre comunidades microbianas em primatas não humanos.

Sapajus nigritus, is a specie of non-human primates which are widespread in South America. They are omnivores and live in troops of up to 40 individuals. Mucosal surfaces are a perfect portal of entry for viruses and bacteria from the environment to access new hosts. The oral cavity is a portal of entry for several microorganisms including viruses, and it contains the gingiva, tongue, palate, the surface of teeth and saliva. The periodic discovery of new viruses suggests that we underestimate the total number and diversity of viruses existing in nature. On the other hand, the growing improvement of virus detection contribute to the discovery of a microbiology world yet unexplored. Bacteriophages (or phages) are the most abundant group of viruses. They play a dynamic role in the ecosystem as they replicate in bacterial hosts which inhabit all types of environments, including body surfaces of different species of animals. This study aims unveiling the viruses composition in oral swabs, blood and urine of wild capuchin monkeys (Sapajus nigritus) collected from 12 animals in two distinct collection points. Samples were collected following the Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) guidelines, stored on ice and transported to the lab. Samples were processed in three distinct pools (swab, blood and urine), and the extraction of nucleic acids was performed using Trizol®, according to the manufacturer´s instructions. Following extraction, nucleic acids were randomly amplified and submitted to Illumina plataform for next generation sequencing. The results revealed the presence of bacteriophages belonging to the families Siphoviridae, Myoviridae, and Podovirida and 11 eukaryotic viral families: Herpesviridae, Parvoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae, Caulimoviridae, Iridoviridae, Astroviridae, Poxviridae and Baculoviridae, in addition to two complete viral genomes of Anelloviridae and Genomoviridae. This study contributes to access the viral sequences from capuchin monkeys, lead to improve our restrict knowledge regarding microbial communities in non-human primates.