Desenvolvimento de qPCR para detecção de Xanthomonas oryzae em sementes de arroz

Abstract

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) e X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), agentes causais do crestamento foliar bacteriano (CFB) e estria bacteriana da folha (EBF), respectivamente, são pragas ausentes no Brasil, transmitidas por sementes, com potencial de comprometer seriamente a produção brasileira de arroz. O intercâmbio comercial de sementes aponta o exame laboratorial como estratégia fundamental na exclusão de tais pragas. O objetivo desta pesquisa foi desenvolver e validar um método detecção, dos patovares de X. oryzae (Xo) em sementes de arroz através de qPCR. A sonda XRS foi desenvolvida e, apesar de não distinguir os dois patovares, sua alta sensibilidade, 30 fg/μL de DNA, equivalendo a seis células bacterianas, evidenciou sua eficiência. O método sem isolamento em meio de cultura permitiu detectar até 4,2x102 UFC.mL-1. A análise de 468 amostras (162 nacionais e 306 importadas) de sementes de arroz de três safras não indicou a presença de Xo. A caracterização de 21 isolados de Xanthomonas sp., positivos no ELISA (Agdia, BRA 85000) para Xoo, mostrou variabilidade entre os isolados e a distinção destes de Xo.

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), the causal agents of bacterial leaf blight (BLB) and bacterial leaf streak (BLS), respectively, are pests absent in Brazil, transmitted by seeds, with potential to seriously compromised the Brazilian rice production. The commercial interchange of seeds indicates the laboratory analysis as a fundamental strategy in the exclusion of such pests. The objective of this research was to develop and validate a method for detection of pathovars of X. oryzae (Xo) in rice seeds by qPCR. The XRS probe was developed and, despite not distinguish the two pathovars of Xo, its high sensitivity, 30 fg/μL of DNA, equivalent to six bacterial cells, demonstrated its efficiency. The method without isolation in culture medium, allowed to detect up to 4,2 x102 CFU.mL-1. The analysis of 468 samples of rice seeds (162 national and 306 imported) in three crops, not indicated the presence of Xo. Characterization of 21 isolates of Xanthomonas sp. positive on ELISA (Agdia, BRA 85000) to Xoo, showed variability among isolates and distinction from Xo.