Filodinâmica do vírus da imunodeficiência felina no Brasil e análise de sequências dos genes virais VIF e ENV e do gene A3Z3 em felinos domésticos naturalmente infectados na cidade de Porto Alegre

Abstract

O vírus da imunodeficiência felina (FIV), membro da família Retroviridae, é um vírus mundialmente distribuído em gatos domésticos. Até o momento foram descritos sete subtipos de FIV em várias regiões do mundo. No Brasil, os estudos revelam a presença unicamente do subtipo B do FIV (FIV-B). Entretanto, o baixo número de sequências genômicas disponíveis nos bancos de dados dificulta a realização de estudos filogenéticos. Com a finalidade de compreender melhor alguns aspectos da epidemiologia molecular de FIV, trinta e uma amostras de gatos positivos para FIV, coletadas entre 2012 e 2016 no município de Porto Alegre-RS, foram submetidas à amplificação e sequenciamento da região C5-V4 do gene env, importante na subtipificação viral. Todas as sequências obtidas pertencem ao FIV-B. No entanto, 4 sequências (13 %) apresentaram um grupamento diferente das demais, confirmando a ocorrência de eventos de recombinação. Além disso, observou-se a existência de cinco clados altamente suportados nas sequências brasileiras, sugerindo cinco eventos independentes de introdução do vírus no Brasil. Por fim, os resultados obtidos sugerem que a epidemia de FIV-B se remonta a 1942 e, no Brasil, as cinco entradas do vírus aconteceram entre 1981-1991. Além disso, foi feita uma análise visando compreender a relação entre a frequência de mutações nos genes env e vif do FIV e gene A3Z3 do hospedeiro, um importante fator de restrição que induz hipermutações no vírus. Foram identificados 5 dos 7 haplótipos no gene A3Z3 descritos previamente e se encontrou um baixo ou indetectável nível de hipermutações nos genes virais analisados.

Feline immunodeficiency virus (FIV), a member of the Retroviridae family, is a widespread virus in domestic cats. To date, seven FIV subtypes have been described in different regions of the world. In Brazil, the studies show only the presence of FIV subtype B (FIV-B). However, the low number of available genomic sequences in the databases is a challenge for phylogenetic studies. In order to better understand some aspects of the molecular epidemiology of FIV, thirty-one samples of FIV positive cats collected between 2012 and 2016 in Porto Alegre-RS, were submitted to amplification and sequencing of the C5-V4 region of the env gene, used to viral subtyping. All sequences obtained belong to FIV-B. However, 4 sequences (13%) presented a different grouping pattern when compared to other sequences, confirming the occurrence of recombination events. In addition, we observed the existence of five clades highly supported in the Brazilian sequences, suggesting five independent events of introduction of the virus in Brazil. Finally, the results obtained suggest that the FIV-B epidemic dates back to 1942 and, in Brazil, the five entries of the virus occurred from 1981 to 1991. In addition, an analysis was developed to understand the relationship between the frequency of mutations in the env and vif genes of the virus and A3Z3 host gene, an important restriction factor that induces hypermutations in the virus. Five of the 7 haplotypes in the A3Z3 gene described previously were identified and a low or undetectable level of hypermutations was found in the analyzed viral genes.