Métodos de extração de DNA para a detecção de Salmonella em ovos de galinhas, com e sem casca, através da reação em cadeia pela polimerase

Abstract

O diagnóstico microbiológico de Salmonella sp em amostras de alimentos é demorado, com cinco diferentes etapas, levando cerca de 120 horas até o resultado final. A utilização da técnica da Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) pode diminuir esse período, porém sofre influência de substâncias presentes na amostra que afetam a reação. O objetivo deste trabalho foi comparar dois métodos de extração de DNA, a extração por tratamento térmico e a pelo fenol-clorofórmio, em amostras de 100 ovos de galinhas domésticas artificialmente contaminados com uma cepa de Salmonella enterica sorovar typhimurium em fase estacionária. O material obtido com as extrações foi submetido à PCR, utilizando-se um par de iniciadores que amplificam um fragmento de 284pb do gene InvA de Salmonella sp. Comparando os métodos de extração, observou-se uma diferença na capacidade de detecção de 12% a favor do método do fenol-clorofórmio, quando a extração foi realizada a partir do ovo com casca. No momento em que a mesma metodologia foi usada apenas com a parte interna dos ovos, essa diferença subiu para 26% o que foi significativo (P<0,003), demonstrando que a metodologia de extração foi determinante para melhorar a sensibilidade da técnica. No entanto, ao comparar-se a percentagem de positivos independente da técnica de extração do DNA, observou-se diferença significativa (P<0,047) a favor das amostras de ovos sem casca. Isso sugere que para a detecção de Salmonella por PCR deve-se utilizar apenas a parte interna dos ovos, pois a casca pode determinar interferência na técnica.

The Salmonella sp detection in feed samples is time consuming, it has five stages and requires 120 hours for final results. The use of polimerase chain reaction technique can reduce this time considerably, however it can be affected by substances from the sample. This study had the objective of comparing two methods of DNA extraction, by heating process and by phenol-chloroform in samples of 100 chicken eggs experimentally infected with a sample of Salmonella enterica sorovar typhimurium in stationary phase. After the two extraction methods a PCR was done using a pair of oligonucleotides that amplifies a fragment of 284pb in the InvA gene de Salmonella sp. Comparing the extraction methods it was noted a difference of 12% favorably to the phenol-chloroform method when the extraction was done from eggs with shell. The same method using just the egg internal part resulted in a difference of 26% with high significance (P<0.003), showing that the method used was determinant to improve the technique efficiency. However, comparing the positive percentage independent of the DNA extraction method a significant difference (P<0.047) was noted for outshell eggs. This fact suggests that for Salmonella egg analysis, only the egg internal part should be used because the shell can determine interference in technique.