Caracterização da influência do fator B na estabilidade de complexos proteína-carboidrato

Abstract

O presente estudo investigou a relação entre a qualidade local dos dados cristalográficos e a estabilidade de complexos proteína-carboidrato em simulações de dinâmica molecular. A análise dos valores de RSCC, RSR e fator B permitiu avaliar a qualidade dos dados, enquanto métricas como RMSD e RMSF foram empregadas para avaliar a estabilidade dos sistemas simulados. Os resultados indicaram que uma menor qualidade local dos dados dos ligantes, especialmente no que se refere à definição dos átomos e à geometria molecular, pode estar associada a uma maior instabilidade dos complexos simulados. Contudo, a correlação entre a qualidade dos dados e a estabilidade dos complexos é complexa e pode ser influenciada por outros fatores, como a flexibilidade da proteína e a força das interações intermoleculares. Este estudo contribui para uma melhor compreensão da importância da qualidade dos dados cristalográficos na modelagem molecular de sistemas biológicos complexos, com implicações para o desenvolvimento de novos fármacos e o design de proteínas.

This study examined the relationship between the local quality of crystallographic data and the stability of protein-carbohydrate complexes in molecular dynamics simulations. By analyzing RSCC, RSR and B factor values and employing metrics such as RMSD and RMSF, it was found that lower-quality ligand data, particularly regarding atom definition and geometry, was associated with increased complex instability. However, the correlation between data quality and stability is complex and influenced by various factors, including protein flexibility and intermolecular interactions. These findings highlight the critical role of high-quality crystallographic data in accurate molecular modeling of biological systems, with implications for drug design and protein engineering.