O papel das variantes de significado incerto e variantes em regiões gênicas não codificantes de BRCA1/2 em pacientes com síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário

Abstract

Sabe-se que 10% dos casos de câncer de mama e 25% dos casos de câncer de ovário são de origem hereditária e caracterizam a Síndrome do Câncer de Mama e Ovário Hereditários (HBOC), geralmente causada pela presença de variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2, que conferem uma probabilidade aumentada para desenvolvimento destas neoplasias, somando 72%- 69% e 44-17%, respectivamente, até os 70 anos de idade. Pacientes diagnosticadas com HBOC possuem um manejo clínico específico, com ações de profilaxia, rastreamento e tratamento direcionado. Entretanto, um considerável número de pacientes apresenta o fenótipo clínico e se encaixa nos critérios de realização de teste genético para HBOC, apresenta resultado negativo ou inconclusivo, com a detecção de uma Variante de Significado Incerto (VUS). A presença de variantes patogênicas na região não codificante destes genes pode afetar a formação de uma proteína funcional em diferentes níveis, desde a transcrição do DNA em RNA, até sua tradução. Na prática clínica, estas áreas não são comumente analisadas e continuam pouco exploradas. Além disso, não existe um consenso estabelecido para a reavaliação e reclassificação de VUS em um período determinado, assim como a escolha de qual guia de categorização se adequa à nossa população específica. O presente trabalho, portanto, teve como objetivo explorar os mecanismos moleculares possivelmente associados com HBOC em pacientes que possuem resultado de avaliação genética de BRCA1/2 negativo ou inconclusivo, através de análises in silico e in vitro das alterações nas regiões não codificantes destes genes, assim como comparar os guias de classificação de variantes quanto seus critérios e metodologias durante a reclassificação de VUS. Durante este processo, duas variantes foram reclassificadas para provavelmente patogênicas, e uma destas foi avaliada através de bioinformática quanto seu impacto funcional na estrutura proteica para acúmulo de evidência. Foi possível discutir sobre os principais desafios presentes neste processo de reclassificação e os principais erros inerentes possivelmente associados ao mesmo, sugerindo pontos de atenção e monitoramento regular de informações. Foi realizada também uma busca por variantes de regiões não codificantes descritas na população brasileira com o intuito de verificar evidências e informações sobre sua patogenicidade e origem. Observou-se um significativo número de variantes não referenciadas e ausência de correlação com fenótipos clínicos. Além disso, pode-se argumentar sobre as áreas de coberturas dos testes genéticos utilizados e as altas taxas de miscigenação do país, que influenciam de forma negativa em uma possível caracterização e definição da carga genética da população, para identificação de mutações fundadoras e hotspots. Ainda, através de uma busca em bancos de dados, foi estabelecida uma rede de interação entre microRNAs que possuem BRCA1/2 e outras proteínas da via de Recombinação Homóloga como alvo e interagem direta- e indiretamente, resultando em 78 microRNAs citados. A elucidação de suas funções e impacto no processo de reparo está sendo realizado através de uma revisão de literatura.

It is known that 10% of breast cancer cases and 25% of ovarian cancer cases are hereditary and characterize the Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome (HBOC), derived from the presence of pathogenic variants in BRCA1 and BRCA2 genes, which result in an increased probability of these neoplasms development, adding up to 72%-69% and 44-17%, respectively, to the age of 70. HBOC diagnosed patients receive distinct clinical management, with prophylaxis, screening, and targeted treatment. However, there is a significant number of patients that present the HBOC clinical phenotype and fit the genetic testing criteria, but receive a negative or inconclusive result, with the detection of a variant of uncertain significance (VUS). The presence of pathogenic variants in the non-coding regions of these genes can affect the protein establishment in different levels since the DNA to RNA transcription and its translation. In the current clinical practice, these areas are not commonly evaluated and remain unexplored. Besides, there is no established consensus on the re-evaluation and reclassification of VUS with a defined periodicity, as well as the choice of which classification guideline should we use in our specific population. This work aimed to explore the molecular mechanisms possibly associated with HBOC in patients with a negative or inconclusive result in the BRCA1/2 genetic test through in vitro and in silico evaluations of alterations located in the non-coding regions of these genes, as well as compare the variant classification guidelines and their criteria, and methodologies during a VUS case series reclassification attempt. During this process, two variants were reclassified into likely pathogenic, and one of them was still evaluated through bioinformatics on its functional impact to the protein structure to accumulate evidence. Our group was able to discuss about the main challenges present in the reclassification process and inherent errors possibly associated, making suggestions on lookout points and information regular monitoring, as new evidence arises. A search for variants located in the non-coding regions described in the Brazilian population was carried out in order to verify evidence regarding their pathogenicity and origin. A significant number of non-referenced variants and absence of clinical phenotype correlation were observed. In addition, it was able to argue about the coverage of the genetic tests used and the high miscegenation rates present in the Brazilian population, which can negatively influence in the identification of founder mutations and hotspots regions, in order to characterize and define the genetic loads’ population. Also, through a databases search, an interaction network of microRNAs that target BRCA1/2 and other proteins of homologous recombination pathway directly and indirectly was established, resulting in 78 microRNAs cited. The elucidation of their function and potential impact in the repair process is currently being carried out through a literature review.