SPTSars-Cov-2 : sistema de procedimentos de testes da covid-19

Abstract

Durante o ano de 2020, o mundo foi impactado com a pandemia da Covid-19, a qual é causada pelo novo coronavírus - o SARS-CoV-2. A pandemia se alastrou pelo país causando impactos nas mais diversas áreas e em proporções sem precedentes na história recente. Uma das medidas recomendadas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) é a testagem da população dos diversos países. Dada essa necessidade urgente da realização de testes em massa, a fim de detectar a presença do vírus que causa a Covid-19, em março de 2020, o ICBS entrou em contato com o Instituto de Informática da UFRGS, verificando a viabilidade de desenvolvimento de um sistema para facilitar o gerenciamento das informações relacionadas aos testes RT-PCR (Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction), assim como dados correlacionados, tais como pacientes, laudos, entre outros. Nesse contexto, surgiu a necessidade de desenvolver um sistema para gerenciar e acompanhar as análises realizadas em amostras de testes de Covid-19 realizados no âmbito do ICBS/UFRGS, o qual é foco do presente trabalho de conclusão de curso. Para desenvolver esse sistema foi usado um processo de desenvolvimento incremental, em que uma funcionalidade é desenvolvida, os usuários realizam sugestões e a implementação é aprimorada. Esse processo foi selecionado, visando desenvolver o sistema de forma rápida, visto que o ICBS começou a armazenar os resultados dos testes em abril de 2020. O sistema foi modelado a partir dos entregáveis que foram solicitados pelo ICBS, e a sua modelagem usou os diagramas da UML (Unified Modeling Language) e o Diagrama de Entidade e Relacionamento (DER). Todos estes modelos permitiram mapear a estrutura do sistema como um todo, e contribuíram para entender a complexidade dos fluxos relativos ao sistema. Para a implementação do sistema foram utilizadas as seguintes tecnologias: banco de dados MariaDB, a linguagem PHP para realizar a comunicação com o servidor e as linguagens HTML (HyperText Markup Language), CSS (Cascading Style Sheets), Javascript, JQuery e o framework Bootstrap para a elaboração das interfaces gráficas com o usuário responsivas. Atualmente, o sistema encontra-se em uso no ICBS por uma equipe composta por aproximadamente 260 usuários, distribuídos em vários perfis, já registrou o resultado de 74000 amostras vinculadas a pacientes. Embora quase todos os fluxos demandados pelo ICBS estejam desenvolvidos e implantados, outras funcionalidades ainda podem ser incorporadas ao sistema, visando torná-lo um sistema que possa ser usado para a análise de amostras de outros tipos de testes que o ICBS realiza.

During the year 2020, the world was impacted by the Covid-19 pandemic, which is caused by the new coronavirus - SARS-CoV-2. The pandemic spread across the country causing impacts in several areas and in unprecedented proportions in recent history. One of the measures recommended by the World Health Organization (WHO) is testing the population of several countries. Due to the urgent need to carry out mass tests, to detect the presence of the virus that causes Covid-19, in March 2020, ICBS contacted the UFRGS Institute of Informatics, checking if it was possible to develop a system to facilitate the management of information related to RT-PCR (Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction) tests and patient data, reports, among others. In this context, it was necessary to develop a system to manage and monitor the analyzes carried out on samples of Covid-19 tests carried out at ICBS / UFRGS, which is the focus of the present course conclusion work. To develop this system an incremental development process was used, in which a functionality is developed, users make suggestions, and the implementation is improved. This process was selected because it was necessary to develop the system quickly, as the ICBS started storing the test results in April 2020. The system was modeled using the deliverables that were requested by ICBS, and its modeling used the UML (Unified Modeling Language) diagrams and the Entity and Relationship Diagram (DER). All these models allowed to map the structure of the system as a whole and contributed to understand the complexity of the flows related to the system. To implement the system the following technologies were used: MariaDB database, PHP language to make communication with the server and the HTML language (HyperText Markup Language), CSS (Cascading Style Sheets), JavaScript, JQuery and framework Bootstrap for the development of responsive graphical user interfaces. Currently, the system is in use at ICBS by a team composed of approximately 260 users, distributed in various profiles, and has already recorded the result of 74000 tests. Although almost all flows demanded by ICBS are developed and implemented, other functionalities can still be incorporated into the system, aiming to make it a system that can be used for the analysis of samples from other types of tests that ICBS performs.