Ciclo celular detalhado pela análise de componentes principais

Abstract

Utilizando dados de expressão gênica obtidos por RNA-Seq de células únicas de Mus Musculus, analisamos o ciclo celular a partir do método do transcriptograma e de análise por componentes principais (PCA). A análise sugere uma classificação das amostras nas diferentes fases do ciclo celular e possibilita propor um ranqueamento pseudo-temporal das amostras. Com dados de grupos de genes reguladores do ciclo, como o complexo ciclina-CDK, validamos biologicamente o ordenamento, uma vez que a sequência temporal proposta pelo ordenamento das amostras dá lugar à evolução esperada da expressão gênica de marcadores de fases do ciclo celular.

Using gene expression data obtained fromRNA-Seq of single-cellMusMusculus , we analyzed the cell cycle fromthe transcriptogram and principal component analysis method (PCA). The analysis suggests a classification of the samples in the different phases of the cell cycle and made possible to propose a pseudo-temporal ordering. With data from groups of cycle-regulating genes, such as the cyclin-CDK complex, we biologically validate the ordering, since the temporal sequence proposed by the ordering of the samples gives rise to the expected evolution of the gene expression of phase markers of the cell cycle.