Tursiops no Atlântico Sul Ocidental: comparação filogenética in silico com as espécies das bacias oceânicas adjacentes

Abstract

Introdução O gênero Tursiops apresenta uma classificação taxonômica complexa, porém não há dúvidas de que T. gephyreus é uma linhagem diferente de T. truncatus. Além disso, não há estudos publicados de análise molecular incluindo T. aduncus, T. gephyreus e T. truncatus, sendo assim são necessários mais estudos para esclarecer a relação filogenética entre essas espécies. Objetivos Este estudo objetivou realizar uma busca em "silico" das sequências nucleotídicas depositadas do Gênero Tursiops, Gervais 1855 com ênfase em T. gephyreus, Lahille, 1908. O objetivo foi verificar que marcadores estavam disponíveis e se seria possível realizar análises filogenéticas entre espécies do gênero Tursiops do Atlântico Sul Ocidental e bacias oceânicas adjacentes, com o intuito de entender como T. gephyreus se relaciona filogeneticamente com outras linhagens do gênero. Métodos Realizou-se um levantamento das sequências de Tursiops disponibilizadas no GenBank do NCBI. Essas sequências foram alinhadas e utilizadas na construção de uma árvore filogenética. Utilizando sequências selecionadas a partir dessas 1794 sequências iniciais e sequências obtidas posteriormente realizou-se outras duas árvores filogenéticas (utilizando Sotalia fluviatilis como grupo externo e outras 6 espécies de Delfinídeos), gráficos de análise PcoA e uma tabela de distância genética. Resultados Foram encontradas 1794 sequências, de região controle mitocondrial e D-loop, do Gênero Tursiops, sendo 1.106 de T. truncatus, 198 de T. aduncus, 51 de T. gephyreus, 6 de T. australis. A partir da construção das árvores filogenéticas, dos gráficos e da tabela de distâncias genéticas observou-se que em todos os métodos T. gephyreus e T. truncatus agruparam-se. Discussão A análise dos resultados demonstrou a baixa quantidade de amostras sequenciadas para T. gephyreus e da variedade de marcadores moleculares utilizados para a obtenção das mesmas. Mesmo assim, ao refinar as buscas utilizando sequências de trabalhos selecionados, foi possível hipotetizar algumas relações entre as espécies. O baixo número amostral de sequências e genes de T. gephyreus não permitiu realizar análises mais robustas.

Introduction The genus Tursiops has a complex taxonomic classification, but there is no doubt that T. gephyreus is a different lineage from T. truncatus. In addition, there are no published molecular analyses studies T. aduncus, T. gephyreus and T. truncatus, so further studies are needed to clarify the phylogenetic relationship between these species. Goals This study was aimed at performing an “in silico'' search of the nucleotide sequences deposited from the genus Tursiops, Gervais, 1855 with emphasis on T. gephyreus, Lahille, 1908. The objective was to verify which markers were available and whether it would be possible to perform phylogenetic analysis between species of the genus Tursiops from the Western South Atlantic and adjacent ocean basins, in order to understand how T. gephyreus is phylogenetically related to other strains of the genus. Methods A survey of the Tursiops sequences available from NCBI's GenBank was carried out. These sequences were aligned and used in the construction of a phylogenetic tree. Using sequences selected from these 1794 initial sequences and sequences obtained later two other phylogenetic trees were created (using Sotalia fluviatilis as an outgroup and another 6 species of Delphinidae), PcoA analysis graphs and a genetic distance table. Results A total of 1794 sequences from the mitochondrial control region and D-loop of the genus Tursiops were found, 1106 from T. truncatus, 198 from T. aduncus, 51 from T. gephyreus, 6 from T. australis. From the construction of phylogenetic trees, graphs and the table of genetic distances, it was observed that in all methods T. gephyreus and T. truncatus were grouped. Discussion The analysis of the results demonstrated the low amount of samples sequenced for T. gephyreus and the variety of molecular markers used to obtain them. Even so, by refining the searches, using sequences of selected works, it was possible to hypothesize some relationships between the species. The low sample number of T. gephyreus sequences and genes did not allow for more robust analyses.