Avaliação do sistema MALDI-TOF MS como metodologia para a identificação de espécies de Rhodotorula spp. : uma revisão da literatura

Abstract

A maioria dos fungos não-candida não eram considerados patógenos até poucos anos atrás, mas esse cenário está mudando e entre os gêneros que estão emergindo está Rhodotorula: uma levedura que tem atingido principalmente pacientes imunocomprometidos e portadores de cateteres de uso venoso central. Os métodos mais comuns na rotina de análise de micro-organismos são cultura e bioquimismo, seguido de técnicas moleculares, exigindo mais de 48 horas para visualização dos resultados em ambos os casos. Diante da necessidade de resultados mais rápidos a fim de realizar a escolha da terapia correta para o paciente, MALDI-TOF MS vem como uma ferramenta revolucionária, pois através dele é possível obter a identificação correta em menos de 3 horas e em alguns casos em até 20 minutos. No caso de leveduras, há a necessidade de uma etapa pré-analítica muito importante: extração de proteínas; essa técnica pode ser feita por métodos diversos. O objetivo dessa revisão da literatura é abordar aspectos de identificação de espécies de Rhodotorula por MALDI-TOF MS entre os anos 2000 e 2020, traçando uma linha do tempo para que seja possível observar o avanço da técnica, assim como explicar os métodos de extração mais utilizados, os tipos de amostras onde esse micro-organismo foi isolado e as espécies que foram encontradas. Baseado nisso, apesar da necessidade de enriquecimento das espectrotecas, os resultados obtidos foram otimistas, visto que 86% dos estudos foram capazes de identificar Rhodotorula por MALDI e desses, 81,1% conseguiu identificar a nível de espécie, sendo que a predominante foi R. mucilaginosa.

Most non-candida fungi were not considered pathogens until a few years ago, but this scenario is changing and among the genus that are emerging is Rhodotorula: a yeast that has mainly affected immunocompromised patients and patients with catheters in use central venous. The most common methods in the routine of microorganism analysis are culture and biochemistry, followed by molecular techniques, requiring more than 48 hours to visualize the results in both cases. In view of the need for faster results in order to choose the right therapy for the patient, MALDI-TOF MS comes as a revolutionary tool, because it is possible to obtain the correct identification in less than 3 hours and in some cases up to 20 minutes. In the case of yeasts, there is a need for a very important pre-analytical step: protein extraction; this technique can be done by different methods. The objective of this literature review is to address aspects of Rhodotorula species identification by MALDI-TOF MS between the years 2000 and 2020, tracing a timeline so that it is possible to observe the advancement of the technique, as well as to explain the most efficient extraction methods used, the types of samples where this microorganism was isolated and the species that were found. Based on this, despite the need to enrich the library of spectral data, the results obtained were optimistic, since 86% of the studies were able to identify Rhodotorula by MALDI and of these, 81.1% managed to identify at a species level, which the predominant was R. mucilaginosa.