Detecção molecular e análise filogenética do gene N do vírus da cinomose canina em cães de Porto Alegre, RS

Abstract

Virus da cinomose canina (CDV) é um Morbillivirus que causa uma doença multissistêmica em cães e outros carnívoros com envolvimento respiratório, gastrointestinal, neurológico e cutâneo. O vírus possui um genoma de fita simples de RNA com aproximadamente 15.9 kb, composto de seis genes que codificam para oito proteínas virais. O gene N é utilizado como um marcador molecular epidemiológico para a comparação entre diferentes cepas de CDV. O objetivo do presente estudo foi de comparar os segmentos do gene N recuperados de urina e sangue coletados de cães de Porto Alegre, RS. No total, 41 amostras de urina e 19 amostras de sangue total foram coletadas de animais clinicamente suspeitos e submetidos à extração de RNA, transcrição reversa e amplificação por PCR, visando um fragmento de 335 pb do gene N. Quatorze amostras de urina e oito amostras de sangue apresentaram o amplicon esperado. Dezesseis destas amostras foram clonadas e sequenciadas pelo método de Sanger. As sequências de nucleotídeos foram comparadas com as sequências de cepas vacinais e selvagens disponíveis no GenBank. A comparação genômica revelou que as cepas de CDV endêmico possuem similaridade entre elas de 96.25-100%; quando comparadas com as cepas “clássicas” vacinais Onderstepoort e Lederle, a semelhança variou entre 94.98 - 96.55%. Entretanto, filogeneticamente, as sequências recuperadas agruparam separadas das cepas vacinais. Quinze das dezesseis sequências agruparam juntamente com cepas norte-americanas e uruguaia, ao passo que a sequência restante agrupou com sequências de virus de origem chinesa e taiwanesa. Concluindo, nós descobrimos que ao menos duas variantes patogênicas diferentes de CDV estão circulando atualmente na população de cães domésticos de Porto Alegre e estas cepas são semelhantes às circulantes no resto do mundo.

Canine distemper virus (CDV) is a Morbillivirus that causes a multisystemic disease of dogs and other carnivores with respiratory, gastrointestinal, neurological and cutaneous involvement. The virus has a single stranded RNA genome with about 15.9 kb, comprising six genes that code for eight viral proteins. The N gene has been used as a molecular epidemiological marker for comparing different CDV strains. The aim of the present study was to compare segments of the N gene recovered from urine and blood collected from dogs in Porto Alegre, RS. In total, 41 urine samples and 19 whole blood samples were collected from clinically suspected animals and submitted to RNA extraction, reverse transcription and PCR amplification, targeting a 335 bp fragment of the N gene. Fourteen urine samples and eight blood samples gave rise to the expected amplicon. Sixteen of these were cloned and sequenced by the Sanger method. Nucleotide sequences were compared to those of vaccinal and wild type strains available at GenBank. Genomic comparisons revealed that endemic CDV strains share 96.25–100% similarity; when compared to classical vaccine strains Onderstepoort and Lederle, similarity ranged between 94.98 and 96.55%. However, phylogenetically, recovered sequences clustered apart from vaccine strains. Fifteen out of the sixteen sequences clustered along with Uruguayan and North American strains, whereas the remainder sequence clustered with sequences of viruses of Chinese and Taiwanese origin. In conclusion, we found that at least two different pathogenic CDV strains are currently circulating in domestic dog population from Porto Alegre, and those are similar to worldwide circulating strains.