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dc.contributor.advisorRoehe, Paulo Michelpt_BR
dc.contributor.authorVarela, Ana Paula Muterlept_BR
dc.date.accessioned2019-07-16T02:35:34Zpt_BR
dc.date.issued2015pt_BR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10183/196932pt_BR
dc.description.abstractO vírus da anemia infecciosa das galinhas (CAV) é um vírus pequeno, não-envelopado, com genoma circular de DNA simples fita. O vírus foi identificado pela primeira vez em 1979 no Japão e, por mais de 30 anos era o único girovírus conhecido por infectar aves. Em 2011, um novo girovírus, denominado girovírus aviário 2 (AGV2) foi identificado em soros de aves apáticas e com perda de peso. Posteriormente, genoma desse novo vírus foi identificado em aves saudáveis, bem como aves com sinais clínicos neurológicos. Especula-se que o AGV2 esteja mundialmente disseminado nos rebanhos avícolas, uma vez que genoma viral tem sido identificado em países geograficamente distantes. Tal identificação de AGV2 tem sido baseada em testes moleculares qualitativos. Dessa forma, no primeiro estudo realizado, foi desenvolvida uma duplex PCR em tempo real (dqPCR) visando detectar e quantificar simultaneamente genomas de CAV e AGV2. O ensaio mostrou ser sensível, específico e reproduzível, permitindo a detecção de no mínimo 5 cópias de genoma de CAV e 50 cópias de AGV2. Além disso, a dqPCR foi mais sensível que a técnica convencional quando aplicada para detecção destes agentes em amostras biológicas. O ensaio foi também utilizado para avaliar a presença de genomas de CAV e AGV2 em vacinas comerciais frequentemente utilizadas na avicultura. Trinta e cinco vacinas comerciais produzidas contra diferentes agentes patogênicos de aves foram analisadas. Os resultados obtidos mostram a presença de genoma de ambos os girovírus nas vacinas e enfatizam a importância da investigação aprofundada destes agentes em imunógenos. Adicionalmente, visando ampliar o conhecimento sobre o AGV2, dois estudos envolvendo análise genômica (parcial ou completa) foram realizados. Em um dos estudos, possíveis variações na sequência que codifica a proteína viral 1 (VP1) foram investigadas em amostras coletadas de aves com distintos status sanitários. Para tanto, penas coletadas de aves saudáveis e fígados provenientes de aves com apatia e baixo ganho de peso foram submetidos à extração de DNA e amplificação da região que codifica a VP1. Os produtos amplificados foram sequenciados e filogeneticamente analisados. Análise filogenética à nível de aminoácido deduzido permitiu a subdivisão das sequências de AGV2 em dois grupos maiores relacionados ao distinto status sanitário. Esses resultados podem estar associados à ocorrência de variantes do vírus, bem como à patogenicidade. Por fim, outro estudo foi realizado com o objetivo de detectar e caracterizar genomas de AGV2 presente em aves na Itália. Cem soros foram coletados de aves comerciais, aparentemente saudáveis, oriundas de 10 propriedades da região do Vêneto. As amostras de soro foram submetidas à extração de DNA e à detecção de AGV2 utilizando PCR. DNA viral foi identificado em 5 das 10 propriedades analisadas. Assim, um DNA extraído de soro representante de cada propriedade foi selecionado e submetido à amplificação do genoma completo de AGV2, sequenciamento e análise filogenética. Foi obtida uma sequência genômica completa e quatro sequências parciais do genoma. Os genomas aqui identificados apresentaram organização genômica igual aos demais girovirus conhecidos, com exceção dos girovírus 4 e 5. Além disso, a análise filogenética realizada mostrou que AGV2 e HGyV são filogeneticamente relacionados e formam um grupo distinto dentro do gênero Gyrovirus.pt
dc.description.abstractChicken anemia virus (CAV) is a small, non-enveloped, circular single-stranded DNA virus. The virus was first identified in 1979 in Japan and, for more than 30 years, it was the only gyrovirus known to infect chickens. In 2011, a new gyrovirus, named Avian gyrovirus 2 (AGV2), was identified in sera from chicken displaying apathy and weight loss. Posteriorly, genome of this new gyrovirus was detected in healthy chickens as well as in chickens displaying neurological signs. It was speculated that AGV2 may have a widespread global distribution in poultry flocks, since its viral genome has been identified in geographical distant countries. The AGV2 identification has been based on the qualitative molecular tests. In this sense, in the first study performed, a duplex realtime PCR (dqPCR) was developed in order to detect and quantify, simultaneously, genomes of CAV and AGV2. The assay proved to be sensitive, specific and reproducible, allowing detection of a minimum of 5 copies of CAV and 50 copies of AGV2 genomes. Moreover, the dqPCR was more sensitive than conventional assay when applied for the detection of these agents in biological samples. The assay was also used to evaluate the presence of CAV and AGV2 genomes in commercially vaccines frequently used by poultry farming. Thirty five commercially vaccines produced against several avian pathogens were examined. The results obtained showed the presence of both gyroviruses genomes in vaccines and emphasize the importance of the further investigation about these agents in immunogens. In addition, in order to enhance understanding about AGV2, two other studies involving genomic analysis (partial or complete) were performed. One of the studies was carried out to investigate variations in the gene coding the viral protein 1 (VP1) from chickens samples with distinct healthy status. Thus, feathers collected from apparently healthy chickens and liver tissues collected from chickens displaying signs of apathy and low weight gain were submitted to DNA extraction and amplification of the genomic region that codes VP1. The amplification products were sequenced and phylogenetically analyzed. Phylogenetic analysis at predicted amino acid level allowed subdivision of AGV2 sequences in two major groups associated with healthy status. These findings may reflect to existence of variants of AGV2, as well as may have correlation with pathogenicity of virus. Lastly, an additional study was performed to detect and to characterize AGV2 genomes present in chicken from Italy. One-hundred serum samples were collected from healthy commercial chickens from 10 poultry farms. Serum samples were submitted to DNA extraction and to AGV2 detection by PCR. Viral DNA was identified in 5 out of 10 farms sampled. So, one DNA sample representative of each farm was selected and submitted to AGV2 complete genome amplification, sequencing and phylogenetic analysis. It was recovered one complete genome and four partial AGV2 genomes (about 83%). The genomes here identified have the same genomic organization of others gyroviruses, with exception to gyrovirus 4 and 5. Moreover, phylogenetic analysis revealed that AGV2 and human gyrovirus are phylogenetically related and form a distinct group within the Gyrovirus genus.en
dc.format.mimetypeapplication/pdfpt_BR
dc.language.isoporpt_BR
dc.rightsOpen Accessen
dc.subjectGyrovirusen
dc.subjectFilogenéticapt_BR
dc.subjectVírus : Anemia : Galinhaspt_BR
dc.subjectPhylogenetic analysisen
dc.subjectPCR : Avespt_BR
dc.subjectReal-time PCRen
dc.subjectVaccineen
dc.subjectVacinaspt_BR
dc.subjectGirovírus aviáriopt_BR
dc.titleDetecção e análise genômica do vírus da anemia infecciosa das galinhas (CAV) e do girovírus aviário 2 (AGV2)pt_BR
dc.title.alternativeDetection and genomic analisys of the chicken anemia virus (CAV) and avian gyrovirus 2 (AGV2) en
dc.typeTesept_BR
dc.identifier.nrb000970593pt_BR
dc.degree.grantorUniversidade Federal do Rio Grande do Sulpt_BR
dc.degree.departmentFaculdade de Veterináriapt_BR
dc.degree.programPrograma de Pós-Graduação em Ciências Veterináriaspt_BR
dc.degree.localPorto Alegre, BR-RSpt_BR
dc.degree.date2015pt_BR
dc.degree.leveldoutoradopt_BR


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