Análise in silico de promotores N em Azospirillum amazonense

Abstract

Introdução A bactéria diazotrófica Azospirillum amazonenese compõe um grupo de microrganismos reconhecidamente capazes de promover o crescimento em plantas. Um mecanismo possivelmente envolvido com essa capacidade é a fixação biológica do nitrogênio, a qual provê o elemento nitrogênio para o desenvolvimento de lavouras. Esse processo é estreitamente regulado pela célula e dentre os componentes centrais desta rota está o fator de transcrição σN, uma subunidade alternativa da holoenzima RNA polimerase. O fator σN está relacionado com o reconhecimento de promotores vinculados a diversas rotas, dentre elas o metabolismo do nitrogênio. Resultados Através de uma matriz de peso heteróloga foram detectados possíveis motivos de ligação a esse fator transcricional no genoma de A. amazonense. Utilizando uma abordagem que busca a conservação dos motivos em organismos relacionados, foram encontradas 28 seqüências a montante de genes relacionados com categorias funcionais distintas, destacando-se aqueles envolvidos com metabolismo de nitrogênio e síntese de flagelo. Essa abordagem permitiu ainda a detecção de promotores putativos, a montante de genes ainda não caracterizados funcionalmente. Conclusão Enfim, este trabalho além de contribuir para a caracterização do genoma colaborará para desvendar os elementos vinculados ao sigmulon nesta bactéria.