Ordenamento por função custo de redes de interações protéicas : estudo da Arabidopsis thaliana

Abstract

Determinar com precisão o papel de cada agente bioquímico em todos os processos relevantes que ocorrem na célula se revelou uma tarefa complicada. Métodos locais, que se concentram apenas em um pequeno conjunto de componentes, não são capazes de explicar o funcionamento da célula em um nível que nos permita entender processos mais complexos, como o envelhecimento. Porém, a análise local sugere que o genoma pode ser considerado uma rede modular, onde genes integrantes de um mesmo módulo interagem mais fortemente entre si do que com genes integrantes de outros módulos. Este trabalho propõe a análise de um método que ordena uma lista de genes interagentes utilizando uma dinâmica de Monte Carlo, com o objetivo de agrupar unidimensionalmente os genes com interações mais fortes. A partir dessa lista ordenada, é possível perceber a separação em módulos funcionais da lista de genes e observar uma correlação entre esses módulos e a ativação dos genes durante variados processos biológicos realizados pela célula.

Determining the precise role of every biochemical agent in every relevant process in the cell has turned out to be a complex task. Local methods, that focus just on a few components, are incapable of explaining the functioning of the cell in a level that allows us to understand more complex processes, such as aging. However, local analysis suggests that the genome can be regarded as a modular network, where genes in a module interact more strongly with one another in comparison to their interactions with genes in other modules. This work proposes the analysis of a method that orders a list of interacting genes utilizing Monte Carlo dynamics, with the objective of clustering in a line the strongly interacting genes. From that ordered list, it is possible to see the separation of the gene list in functional modules, and to observe a correlation between those modules and the activation of the genes during various biological processes performed by the cell.