Comunidades bacterianas fecais de aves canoras (Saltator similis) cativas e de vida livre

Abstract

A transição, de animais, da vida-livre para a vida cativa em ambientes urbanos é uma forma radical de mudança forçada de hábitos. A poluição sonora, a mudança na dieta e os outros desafios de se viver cativo em grandes cidades podem ter efeitos na fisiologia, no comportamento e na microbiota animal, sobretudo, na comunidade das bactérias intestinais. Os membros da ordem Passeriforme são extremamente sensíveis a mudanças ambientais e tem sido alvo de tráfico de animais, sendo o tráfico um exemplo de mudanças brutas de habitat. O Trinca-Ferro (Saltator similis) é uma espécie de ave cantora, alvo de tráfico ilegal e nativa das florestas brasileiras. Devido a ausência de estudos que descrevam a composição da microbiota em animais submetidos a cativeiro, este trabalho objetivou comparar a comunidade bacteriana fecal de Trinca-Ferro em vida- livre e em cativeiro. Amostras fecais de nove aves de vida livre e nove aves em cativeiro foram coletadas. O DNA bacteriano total foi extraído das fezes e, em seguida, amplicons da região V4-rDNA foram sequenciados por tecnologia Ilumina MiSeq. Os resultados obtidos foram processados e analisados por diversas ferramentas de bioinformática. De um modo geral, o perfil da comunidade bacteriana, em relação à abundância e ao perfil filogenético, é relacionado ao habitat dos animais. Dentre os filos bacterianos mais encontrados nos animais testados, Firmicutes, Bacteroidota, Proteobacteria e Actinobacteriota são destacados. Além disso, os gêneros bacterianos “Candidatus Arthromitus”, Acinetobacter, Kocuria e Paracoccus foram identificados exclusivamente em Trinca-Ferros que vivem em cativeiro, podendo ser potenciais biomarcadores associados a aves em ambientes de cativeiro. Este estudo apresenta a primeira descrição da composição da comunidade bacteriana fecal de Trinca-Ferros vivendo em cativeiro e em vida-livre. Os nossos resultados sugerem que a vida-livre ou cativa de Trinca-Ferro impacta a composição da microbiota fecal, sugerindo a possível associação entre os generos bacterianos encontrados como biomarcadores de cativeiro, como potenciais indicadores de bem-estar animal, os quais podem trazer novas discussões sobre o manejo e a saúde das aves em cativeiro.

The transition of animals from living to captive life in urban environments is a radical form of forced change of habits. Noise pollution, changes in diet and other challenges of living in captivity in big cities can have effects on physiology, behavior and animal microbiota, especially the community of intestinal bacteria. Members of the Passerine order are extremely sensitive to environmental changes and have been the target of animal trafficking, with trafficking being an example of brutal habitat changes. The Iron Trinca (Saltator similis) is a species of singing bird, the target of illegal trafficking and native to Brazilian forests. Due to the lack of studies that describe the composition of the microbiota in animals subjected to captivity, this work aimed to compare the fecal bacterial community of Trinca-Ferro in the wild and in captivity. Fecal samples from nine free-ranging birds and nine captive birds were collected. Total bacterial DNA was extracted from feces and then amplicons from the V4- rDNA region were sequenced by Ilumina MiSeq technology. The results obtained were processed and analyzed by various bioinformatics tools. In general, the profile of the bacterial community, in relation to abundance and phylogenetic profile, is related to the habitat of the animals. Among the bacterial phyla most found in tested animals, Firmicutes, Bacteroidota, Proteobacteria and Actinobacteriota are highlighted. Furthermore, the bacterial genera “Candidatus Arthromitus”, Acinetobacter, Kocuria and Paracoccus were identified exclusively in Trinca-Ferros living in captivity, and may be potential biomarkers associated with birds in captive environments. This study presents the first description of the composition of the fecal bacterial community of Trinca-Ferros living in captivity and in the wild. Our results suggest that the free-living or captive life of Trinca-Ferro impacts the composition of the fecal microbiota, indicating the possible association between bacterial genera found as biomarkers of captivity, as potential indicators of animal welfare, which may bring new discussions on the management and health of birds in captivity.