Análise transcritômica de RNAs longos não codificantes (lncRNAs) durante infecção por Candida albicans

Abstract

Fungos do gênero Candida estão presentes na microbiota da maioria das pessoas sem causar qualquer prejuízo ao hospedeiro. No entanto, são fungos comensais oportunistas e podem tornar- se patogênicos em pessoas imunocomprometidas ou que apresentem disbiose. A espécie Candida albicans é uma das principais isoladas em pacientes acometidos por infecções fúngicas. Devido a sua importância médica, aspectos moleculares relacionados à infecção por C. albicans são frequentemente investigados. No entanto, poucos estudos têm avaliado o papel de RNAs longos não codificantes (lncRNAs) em resposta a infecções causadas por C. albicans ou outros fungos. A caracterização de novas moléculas nesse contexto pode ser promissora para a identificação de novos alvos terapêuticos ou diagnósticos. O presente trabalho tem como proposta a investigação do papel de lncRNAs durante a resposta imune a C. albicans, utilizando dados de RNA-Seq. Três abordagens foram utilizadas para a seleção dos genes de interesse: análise de expressão diferen- cial, análise de redes de co-expressão de genes e seleção de genes com base em aprendizado de máquina. A maioria dos lncRNAs selecionados não possuem anotação funcional. Dessa forma, uma abordagem de guilt by association foi utilizada para inferir a relação entre essas moléculas e os processos biológicos designados aos seus genes codificadores de proteínas co-expressos. Nesse trabalho propomos que lncRNAs expressos em resposta à infecção por C. albicans possam estar associados a funções biológicas envolvidas na inflamação, angiogênese e neutralização e degradação de patógeno.

Candida genus fungi are present in the microbiota of most people without causing impairment to the host. However, those fungi are opportunistic commensals and can become pathogenic in immunocompromised individuals or individuals presenting dysbiosis. Candida albicans is the most commonly isolated species in patients affected with fungal infections. Due to its clinical importance, molecular aspects of C. albicans infections are frequently investigated. Although, few studies had evaluated the role of long non coding RNAs (lncRNAs) during response to infections caused by C. albicans or other fungi. The characterization of new molecules in this context may be promising for the identification of new therapeutic or diagnostic targets. The present work aims to investigate the role of lncRNAs during the immune response to C. albicans, using RNA-Seq data. Three approaches were employed to select genes of interest: differential expression gene analysis, co-expression genes network analysis, and gene selection based on machine learning. Most of the selected lncRNAs lack functional annotation. Therefore, a guilt by association strategy was employed to infer the relation between these molecules and the biological processes assigned to its co-expressed protein coding genes. In this work, we propose that lncRNAs expressed in response to C. albicans infection may be involved in inflammation, angiogenesis, and pathogen neutralization and degradation.