Análise intersticial de complexos pMHC para predição de afinidade de ligação

Abstract

O MHC é uma molécula apresentadora que possui um papel importante tanto na apresentação de peptídeos próprios como não-próprios, para que todo o sistema imune possa diferenciar a produção normal de proteínas de uma célula, da produção de proteínas de uma célula infectada por um patógeno. Existem duas vias de apresentação de antígenos: a via de Classe I, que apresenta peptídeos endógenos e a via de Classe II que apresenta preferencialmente peptídeos exógenos. Este trabalho atém-se à via de Classe I, pelo fato de que a própria estrutura deste MHC facilita o processo de modelagem. Isso se deve às características de sua fenda, que possui um espaço de apresentação fechado nas extremidades, permitindo apenas a acomodação de peptídeos menores (entre 8 e 12 aminoácidos). Aqui, buscou-se analisar estruturalmente a interação entre o peptídeo e o MHC, para inferir se um peptídeo é um ligante ou não. A capacidade de ligação de um peptídeo ao MHC é um ponto crucial para a imunogenicidade do mesmo. Até então a maioria das ferramentas que pretendem realizar a predição deste fenômeno são baseadas apenas na análise da sequência de aminoácidos.

MHC is a presenting molecule that plays an important role both in presentation of cleaved proteins from our own cells and non-specific peptides. That is one of mechanisms how immune system can differentiate normal production of proteins from a cell infected by a pathogen. There are two antigens presenting pathways: Class I pathway, which shows endogenous peptides and Class II pathway, which preferably exhibits exogenous peptides. We set the Class I pathway, due to the fact that the structure of this MHC itself facilitates the modeling process. MHC’s cleft has a closed presentation space at the ends, allowing only the accommodation of small peptides (between 8 and 12 amino acids). We aim to analyze structurally the interaction between the peptide and the MHC to infer if a peptide is a ligand or not, since the ability of a peptide to bind MHC is a crucial point for the immunogenicity of them. Until now, most part of tools that intend to carry out the prediction of this phenomenon are based on amino acid sequence analysis.