Sequência completa do genoma de Herpesvírus bovino 5 subtipo C

Abstract

O herpesvírus bovino tipo 5 (BoHV-5) é classificado na ordem Herpesvirales, família Herpesviridae, subfamília Alphaherpesvirinae, gênero Varicellovirus. O BoHV-5 é um agente importante de encefalites ou meningoencefalites em bovinos. Até o presente três subtipos de BoHV-5 são reconhecidos (BoHV-5a, b & c), para que tais correlações possam ser investigadas como maior profundidade, a disponibilidade das sequências genômicas dos diferentes subtipos é de particular importância. Até o presente, somente uma sequência completa de BoHV-5a (SV507/99) encontra-se disponível. No presente estudo é apresentada a sequência genômica completa de uma amostra de BoHV-5 subtipo c, denominada P160/96. O genoma viral foi obtido através de sequenciamento de alto desempenho. As sequências obtidas foram analisadas com o software Geneious (versão 9.1.4). O genoma contém 137.740 pb, com 99% de similaridade em nível de nucleotídeos com a amostra SV507/99. Embora semelhante à sequência de genoma de BoHV-5 já publicada, existe um número de substituições de nucleotídeos e deleções/inserções ao longo do genoma, muitas das quais afetam as sequências de codificação. O genoma da amostra P160/96 apresenta um sítio adicional de clivagem para BstEII, localizado na região repetida interna (IR) da sequência, que revela o perfil de restrição enzimática característico de amostras do subtipo c. Este é o segundo genoma de BoHV-5 até o presente publicado, sendo o primeiro do subtipo c. Espera-se que esta sequência venha representar uma contribuição significativa para uma maior compreensão da biologia dos herpesvírus bovinos, especialmente na investigação de potenciais diferenças na patogenicidade de distintos subtipos de BoHV-5. Esse conhecimento poderá trazer subsídios adicionais para a definição de estratégias de controle ou erradicação mais apropriadas, contribuindo assim para a melhoria a saúde dos rebanhos bovinos.

Bovine herpesvirus type 5 (BoHV-5) is classified in the order Herpesvirales, family Herpesviridae, subfamily Alphaherpesvirinae, genus Varicellovirus. BoHV-5 is an important agent of encephalitis or meningoencephalitis in cattle. For such correlations to be further investigated, the availability of the genomic sequences of the different subtypes is of particular importance. To date, only one complete sequence of BoHV-5 subtype a (SV507/99) is available. In the present study the complete genomic sequence of BoHV-5 subtype c, named P160/96, is presented. The viral genome was determined by high-throughput sequencing. The obtained sequence was analyzed with the Geneious software (version 9.1.4). The P160/96 genome has 137.740 bp, with 99% similarity at the nucleotide level with SV507/99. Although similar to the published BoHV-5 genome sequence, there are a number of nucleotide substitutions and deletions/insertions throughout the genome, many of which affect the coding sequences. The P160/96 genome has the additional BstEII cleavage site located in the internal repeat region (IR), which gives rise to the reveals the characteristic enzyme restriction profile of subtype c samples. This is the second published BoHV-5 genome and the, first of subtype c. It is expected that this sequence will represent a significant contribution to a better understanding of bovine herpesvirus biology, especially in the investigation of potential differences in pathogenicity of distinct BoHV-5 subtypes. This is expected to provide additional information for the definition of appropriate control or eradication strategies, thus contributing to the improvement of cattle health.