Avaliação da pilha de E/S do supercomputador Santos Dumont : Relatório de Pesquisa

Abstract

Neste trabalho buscamos investigar a pilha de E/S do supercomputador brasileiro Santos Dumont através da aplicação mais utilizada nesta plataforma. Identificamos as que consumiam maior tempo de processamento e a implementação MPI por elas utilizadas. Utilizando o Darshan, um profiler de I/O, foi possível caracterizar o comportamento do GROMACS. Esta aplicação era a que possuía mais jobs na fila do sistema. Buscamos também coletar informações nos clientes do sistema de arquivos paralelo Lustre. Foi possível observar que a aplicação escreve a maior parte dos dados em um único servidor além de centralizar em um único processo as operações de leitura e escrita. Notou-se também que esta aplicação, apesar de ser uma das mais utilizadas, não passa grande parte do seu tempo em operações de I/O. Isto pode estar relacionado com os casos de testes e cenários os quais a mesma é empregada pelos pesquisadores que a utilizam no Santos Dumont.